本书从一起谋杀案揭开序幕：知名的古书和古董商人阿尔杜尔遭人杀害于自己的店里。他的养子恩里盖接到噩耗，连忙赶回巴塞罗那处理后事。诡异的是，就在案发前几天，阿尔杜尔仿佛知道死期将近，写了一封信给恩里盖，表示如果自己遭逢不测，请他务必到自己的藏书室里找出一份十五世纪的拉丁文手稿，并将之翻译出来。恩里盖决心找出杀父凶手、完成养父遗志，结果一头栽进数百年前伊比利半岛的种族恩怨和宗教谜团之中。

手稿的作者叫卡萨德瓦尔，是一位建筑师。正当他忙于建造巴塞罗那大教堂的时候，女儿生了重病，无人能治。一筹莫展的卡萨德瓦尔，只好偷偷到巴塞罗那的犹太区求助。当时犹太人被视为异端，而且即将要被驱离西班牙，天主教会更是严禁信徒与之来往。这时一位好心的犹太医师自愿帮忙，不但治好卡萨德瓦尔的女儿，两人更结为莫逆。

眼看宗教审判越演越烈，医师把一件重要的宝物交给建筑师，请他代为保管。这颗翡翠名叫“上帝宝石”（The Stone of God），相传上帝的真名便被铭刻其上，是犹太卡巴拉密教最重要的法器。不久，犹太人被迫离开巴塞罗那，“上帝宝石”也被卡萨德瓦尔藏在城中，直到今天。宝石的下落，就藏于恩里盖手中的这份书稿。随着稿子逐渐被翻译出来，杀死阿尔杜尔的凶手也步步逼近，想要抢先掌握秘密，夺取宝石至高无上的力量……