南宋末年，江南少年杨过自小父母双亡，被父亲生前结义兄弟、江湖上有名的大侠郭靖送到天下道教正宗的全真教去学武。全真教教规森严，天性叛逆的杨过在教中吃尽苦头，忍无可忍，终于逃出全真教。被活死人墓中的小龙女收留为徒。师徒二人在墓中一起练武、一起长大，渐生情愫。

全真教道士甄志丙（旧版为尹志平）迷恋小龙女美色将其奸污。小龙女愤而离开活死人墓。杨过懵然无知，四处寻找小龙女，在寻找小龙女的过程中恍然明白小龙女对自己的爱意。中原召开武林大会，蒙古金轮国师前来挑战。关键时刻，小龙女和杨过无意中卷入纷争，助郭靖打败金轮国师。 郭靖佩服感谢小龙女、杨过二人，并要将自己亲生女儿郭芙许配杨过。但是杨过却说要娶小龙女为妻。但师徒通婚违背宋朝礼教，二人爱情不能为世俗所容。

小龙女为了杨过能够被郭靖等人接受，黯然离去，后又万念俱灰，想要寻死，却被绝情谷主所救。绝情谷主也被小龙女深深迷住，逼她为妻。就在小龙女出嫁前夕，杨过找到了绝情谷中来，二人相逢，顿时爱情之火不可遏制，小龙女知道杨过对自己的感情始终未变，于是拒绝了绝情谷主的婚约，绝情谷主于心不甘，用绝情谷独有的“情花”刺伤杨过，唯一能够解毒的办法，就是谷中特有的绝情丹。绝情谷主原本想以此胁迫二人，没有想到，却引出了自己的元配妻子裘千尺，裘千尺趁机铲除了谷主。并要杨过拿自己的杀父仇人——郭靖夫妻首级来换解药。在此之前，杨过发现了自己父亲亦为郭靖夫妻所杀！一心要为父报仇的杨过毫不迟疑答应下来。

郭靖此时正带领各方援军守住襄阳城，抵抗蒙古大军。 杨过被守城中的郭靖的凛然大义和开阔襟怀感染。在关键时刻不仅没有杀郭靖，反而救了郭靖。郭靖女儿郭芙误会杨过，一剑砍去了他一支胳膊。杨过断臂昏迷，醒来时偶遇前辈高人遗留的一只神雕，并在神雕帮助下，练成一身神功。此时小龙女发现了当时自己是被甄志丙奸污，千里追杀甄志丙，被全真教几大高手联手一击，打成重伤。杨过赶来，小龙女已经是奄奄一息，无法医治……弥留之际的小龙女穿上新娘的凤冠霞帔，二人成亲。小龙女自知伤重不治，怕杨过伤心陪自己一起死，于是在绝壁下留书：十六年后相会。自己毅然跳进了万丈深渊！黄蓉安慰杨过，说是小龙女被一个世外高人带走，十六年后会回来跟他相见。杨过将信将疑，决定等待小龙女十六年。

十六年后，杨过已经是江湖上鼎鼎大名“神雕侠”了。虽然名满江湖，杨过却一直深居简出，默默等待着和小龙女重逢的日子。在和小龙女分手十六年后，杨过来到当时小龙女刻字的地方，却不见小龙女出现。杨过绝望过度，纵身跳入万丈深渊！在深渊水下，杨过找到了在这里隐居了十六年的小龙女！原来小龙女也是投崖未死，反而机缘巧合，伤势痊愈，但却没有办法再出去，于是一直在谷底隐居，二人十六年后重逢，无限欣喜……杨过带着小龙女离开深渊，前往襄阳。杨过以高强武功，于万军之中杀死蒙古皇帝，蒙古大军顿时崩溃，在襄阳就要失守时解了襄阳十六年的围困。经此一役，神雕侠侣天下扬名，杨过却带着小龙女悄然隐退……