《汉语字本位语法导论》从“字本位”立场出发，采用“从外到内、从内到外”相结合的方法，重新构建了现代汉语语法，全书在“绪论”之外分为三编：“方法论”、“结构论”、“表达论”。

绪论部分是全书的立论基础，强调语言理论研究必须立足于语言的特点。人类语言的共性结构原理隐含在语言特点之中，要探索人类语言的共性结构原理可以有两种思路：一是由个性而共性，立足特点，去探索共性；二是由共性而个性，立足共性，解释个性，来丰富和补正共性。由于当前人们自觉不自觉地把印欧语的理论、方法看成语言共性的标志，在此基础上采取第二种思路来研究汉语，就摆脱不了“跟着转”的困境，因而《汉语字本位语法导论》主张采取前一种思路，从研究汉语特点着手。而寻找特点最简单、最有效的办法就是从语言事实和语言理论的矛盾切人，在汉语中就反映为一个“字”字。“字”既是口头的，又是书面的，是形、音、义结合的汉语的基本结构单位，应该在此基础上研究汉语。

上编从六个方面讨论了研究方法论问题。第一章指出发现和研究语言特点的有效方法是“对比”，而对比的关键是语言的基本结构单位，弄错了基本结构单位，就会扭曲语言研究的方向。第二章从“语言是现实的编码体系”、“理据是语言规则的语义基础”的认识出发，重新定义了“语法”：“语法是理据载体组合为语言基本结构单位的规则”，认为这才是真正的“语言共性”。第三章区别了思维方式和思维能力，思维能力指的是认识现实规律的能力，具有全人类性；而思维方式是实现思维能力的一种方法，具有民族性。语言研究必须从考察不同的语言结构与该语言社团的思维方式的关系中提炼出相应的理论和方法。直觉和推理代表了中西两种不同的思维方式，其差异对语言研究方法有重要的影响。第四章指出印欧语社团的认知途径以听觉为基础，偏重于时间，语言研究偏重于口语和语音；汉语社团以视觉为基础，偏重于空间，语言研究偏重于文字。语言与文字是两种独立地、平行地发展起来的编码体系，而书面语是语言、文字两种认知途径的并轨；文字类型不同，与语言的关系也不同。第五章从理据载体的变化和人们认识的深化出发，提出了重新分析这一研究方法的重要性，并分析了汉语研究史上各个阶段研究重点和方法的改变。第六章从西学东渐导致汉语研究的转向的背景出发，提出20世纪汉语语法研究重点已由“形”转向“序”，即字的组合。