《覆雨翻云3》以明初为背景，那时候蒙古帝国已土崩瓦解，朱元璋一统天下。魔师庞斑，退隐20年，终于带领门下弟子，重出江湖，掀起江湖以及朝廷的滔天巨浪。浪翻云自爱妻纪惜惜身故后，他顿悟到人生也不外如是，于是臻至剑道至境，从情，感受到了生命的真意。与庞斑成为互相尊重的对手。韩柏本是韩府卑贱的小厮，偶然被卷入了江湖争斗中，成了各门派之间的牺牲品，却因祸得福，成为了黑榜高手赤尊信的传人，从此背负着他的武功他的心思他的一切，为着江湖的风云变换起着至关重要的作用。武林圣地慈航静斋的传人秦梦瑶，下山插足江湖事，为本来就乱的江湖，再次添加了许多不确定的因素。而年轻一辈的杰出人物：风行烈，戚长征也卷入各自不同的争斗之中，被命运的旋涡，卷在了一起，经历了生离死别，爱恨情仇，还有各种磨难，他们都各自成长起来，成为了最好的朋友，而一同度过许多难关。但他们逐渐发现，事件背后的阴谋竟然指向大明的江山。