日本战败后的陶晶孙，就任台湾大学医学部教授。一九五○年四月以近乎流亡的形式从台湾来到日本(据说被视为反蒋危险分子)。一九五一年后在东京大学讲授中国文学，同时在多家杂志上发表随笔和短篇。一九五二年二月死于日本。《给日本的遗书》于同年十月出版，主要收集了他在日不到两年间发表的文章。作为战后日本的文明批评论，这本书在日本文化界备受称赞，至六十年代中期多次再版，最后一次再版是一九九五年。

五十年代初的陶晶孙如此评论战后日本，说日本是落第的秀才。“一度放荡后被先生落了第的秀才，被排在了肮脏的殖民地人民的后面。想再次努力上进却说要‘再度优越’，轻视排斥别的学生，又挨先生训斥。最后，先生就根本不许他再次逞强了。”

而且还一针见血地指出：“这次战争，给日本留下了疮痍、寡妇甚至混血儿，这些同样也是日本留给中国的。但中国人并不要和日本人清算什么。日本同意投降近来却又溜开敷衍了(指旧金山和会)。即使如此中国人还是不谴责日本国民。敷衍了讲和，不好意思，就开始说中国的坏，说什么竹制的壁障，实际上是在自己的眼前拉了一条壁障，这就不好了。”

这些话，给战后摸索国家复兴再建的日本人以莫大的冲击和影响。是继续追随欧美，还是回归亚洲，重视和亚洲人的连带？这是日本人至今都还在踌躇不前的课题。在此问题上，陶晶孙以他深厚的学识和横跨中日的理解力，显示了他卓越的先见之明。

所以日本人爱读陶晶孙，日本学者甚至说，中国现代作家给日本影响最大的，除了鲁迅，就是淘晶孙了。郭沫若郁达夫也和陶一样留学日本，接受日本文学的影响，但他们对日本的影响，就远不及陶。还有，陶晶孙和其日本夫人的恩爱，也是中日婚姻中少见的，特别是和郭沫若对郭安娜的抛弃相比较起来。这也许也是日本人从陶的幽默讽刺中能感觉出日本爱的一个远因。