水生生物是栖息、生长在水域中重要的生物群落；是渔业生产的重要基础，渔业持续发展的重要保证；水生生物资源是人类社会生存发展的物质基础。随着国民经济的发展，生态环境的改变，导致了水生生物资源衰退，水域水生生物多样性指数下降，种质资源库作用被削弱，珍稀濒危物种数量增加，濒危程度加剧，一些重要的珍稀、濒危水生野生动物物种种群数量不断减少，有的甚至濒临灭绝。

新疆是我国水生生物多样性较丰富的地区之一，境内有大小河流320条，湖泊100多个和众多水库、沼泽，水域广阔，水源主要依靠高山冰川融雪和降水；水生生物资源和生物多样性较为丰富，具有物种特有程度高、孑遗物种数量大、生态系统类型复杂等特点，生物区系门类齐全，野生淡水鱼类50个种和亚种。同时也是我国冷水水域主要分布的区域之一，经调查新疆地区主要冷水性鱼类有30种，隶属于8目10科。区内气候条件差异显著，恶劣多变的自然条件导致新疆大部分区域生态脆弱，生态承载力相对低下，一旦破坏极难恢复