黑格尔在耶拿时期，是他把自己的理想变为体系的一个转折点。1801年黑格尔写了《费希特和谢林哲学体系的差异》一文，参加当时的哲学争论。这是黑格尔发表的第一篇哲学论文,文中已经蕴含着黑格尔自己特有的观点。黑格尔认为，绝对是同一和非同一的同一，哲学的任务在于扬弃分离，达到结合。他批评费希特没有达到这种同一，仅以自我意识为主体-客体，其实主体是主观的“主体-客体”，客体是客观的“主体 -客体”。黑格尔把哲学规定为知识的总体，认为它是一个概念体系，这一体系的最高法则不是知性，而是理性。他要求哲学以概念体系的形式表现绝对，表现主客体的辩证统一，从而奠定了他的辩证的客观唯心论的原则。黑格尔这一时期还发表了一些批评康德、费希特和F.H.雅各比等人的著作。这些人的哲学被黑格尔看作主观的反思哲学、需要克服的片面性哲学，因而必须把它们同以总体为基础的 “真正的哲学” 区别开来。黑格尔还论述了伦理的组织形态以及劳动的伦理意义。

耶拿时期，被认为是黑格尔思想形成史中一个关键时期。在这一时期，黑格尔开始构建自己的哲学体系，以独立的思想家的身份登上了历史舞台。