十月。大量的死鱼从深海漂到上海东岸。格林兰岛的冰盖在急剧消融。海水在以几乎每24小时一米的速度迅速上升。平均海拔只有五米的上海危在旦夕。而同时，世界各国在静止轨道上的卫星受到干扰。

李古力奉命到上海请老一辈科学家张大明出马协助，却发现张大明失踪。海洋学家禹红发现了张大明遗留的应对海水上升的论文批注，参加了搜寻张大明的行动。李古力和欧洲之鹈间谍分别在上海和杭州遭遇。

众多迹象显示，张大明去了格陵兰岛，而美国中情局的吉姆也已经在去格陵兰岛途中。大规模剧烈磁暴发生，许多通讯卫星消失，大部分通讯中断。上海民众开始向西撤离。

渔民的儿子20岁的唐强终于决定去上海打工。在抢救女友幼儿园孩子时被压到被水冲垮的房屋中。救援军队把女友和其他孩子强行撤离。带着李古力四人小队和禹红的包机上升到一万三千米高空时，突然出现异常云团，随即他们的飞机信号从地面雷达消失。

南极开始冰融，长江上游暴雨夹裹着奔腾的江水和沿岸汇集的湖水冲向低处的上海，海水倒灌而上。上海的最后一刻已经到来。