《中国珍稀濒危植物图鉴（精）》原则上收录《国家重点保护野生植物名录（第一批）》（1999年）和《全国极小种群野生植物拯救保护工程规划》（2011～2015年）的所有物种，但由于少数物种的分类学地位存在极大争议或野外居群一直没有被发现，编委会经过讨论，决定将百花山葡萄、乐东石豆兰、大羽桫椤、异形玉叶金花和金平桦等5个物种从图鉴中删除。所以本书共收录种、亚种及变种361个。

印红主编的《中国珍稀濒危植物图鉴（精）》分为藻类和菌类、蕨类植物、裸子植物和被子植物四部分。每部分内部按物种所属科的拉丁学名字母顺序排列。考虑到《国家重点保护野生植物名录（第一批）》作为法律条文的附件，具有相应的法律约束力，编委会决定本书基本沿用《中国植物志》科的概念，从而与名录相对应，但在另外一方面，由于近年来系统学的快速发展，许多物种的系统学位置发生变化，而部分类群的分类研究结果之间争议非常大，如红豆杉属种的界定、木兰科属的划分等，对于这些类群，本图鉴采用编写专家的处理意见，并由编写专家决定是否在附注中对其分类地位予以解释，同时名录中所有物种的拉丁学名都在每个物种名称部分引用，不管其是否处理为异名，但他们的基原异名原则上不引用。

本书在文字描述的基础上，为每一物种绘制了到县一级的分布图。物种的分布信息根据国内标本馆的馆藏标本、发表的科研论文、出版的图书等确定。分布的文字描述以省（自治区、直辖市）为单位进行表述，如物种在某个省内仅为1～2个县分布，则将表述具体到县，如为3个或3个以上的县，则不再标注县名。经过广泛征集和鉴定，本书为360个分类群配置了总计近1000幅彩色照片，仅内蒙古大麦未能征集到适合的照片。为更清晰、明确地展示物种特征，便于识别，本书还为大部分物种配置了线条图。