畢業於台灣世界新聞專科學校，曾任台灣《中國時報》記者、《工商時報》記者、《時報雜誌》主編等職。1973 年開始散文創作，20 歲出版第一本書《蓮花開落》。獲台灣吳三連文藝獎、《中國時報》文學獎、中華文學獎、《中央日報》文學獎。有三百萬人次聽過林清玄的演講，林清玄成為許多人的「心靈導師」。1979 年與陳彩鑾結褵，育有一子。

1996 年與陳彩鑾離婚，1997 年娶了年輕貌美的方淳珍，結婚三個月，即將臨盆。此事當時在台灣引起軒然大波，婦女團體甚至當眾焚書，有人在網路上大罵林是「偽君子」，以示抗議。網路論壇上有人質疑他一手寫佛書，一手屢屢婚變的行為，並嘲諷他真正具體地實現了『嘴唸經手摸奶』（台語諺語，意思為形容一個人「道貌岸然」、「假正經」）的境界。只會用嘴巴講道理自己卻做不到，他在用自己的行為來驗證果報。

林清玄解釋說前妻有宗教妄想症，林甚至為自己辯解：「我認為人的一生要想真正成熟必須要到 45 歲以後，我把它稱作身心靈的契合。所以完美的婚姻無非是兩種途徑：一是成熟了以後再找伴侶，這顯然太遲了，二就是找到伴侶後一同成長，我就是選擇了這一種……」。在婚變之後，林清玄在台灣人氣大跌，近年來積極前往大陸開創新市場。