《新世纪以来新疆维吾尔自治区党的基层组织建设研究》着眼于新疆基层党组织建设的理论和实践，介绍了基层党组织建设的理论基础，回顾了新疆基层党组织建设的历史过程，分析新疆维吾尔自治区党的基层组织建设的现状，总结了基本经验，并在此基础之上分别考察了农牧区和城市的基层党组织建设的状况。通过分析和研究，试图回答为了适应国内外形势的新变化，根据中国共产党建设的新要求，针对出现的新情况、新问题，新疆维吾尔自治区党的基层组织应该如何改革和创新观念意识、领导方式、组织设置等，以建设成为具有相当凝聚力、吸引力和战斗力的坚强领导核心。

郭沅鑫专著的《新世纪以来新疆维吾尔自治区党的基层组织建设研究》整体上可以分为两大部分：第一部分为理论建构和历史考察，主要阐明了基层党组织建设的理论，新疆基层党组织的建设历程，包括绪论、第一章和第二章；第二部分为现实研究主要分析了新世纪以来新疆基层党组织建设的现状，并分别考察了农牧区和城市基层党组织建设的现状，包括第三章、第四章、第五章、第六章和第七章。