主角是一位自稱田村卡夫卡的少年。他四歲時，母親帶著養女出走。年幼的卡夫卡根本不記得母親的樣子，連名字也不知道。卡夫卡在十五歲生日前離家出走四國，為的是逃避父親所作的預言：你將弒父，將與母親、姊姊交合。卡夫卡抵達四國後棲身於甲村家私立圖書館。館長佐伯女士是位四十多歲的婦人，有著神秘的身世。卡夫卡懷疑佐伯是自己的生母，她卻對此不置可否。及後卡夫卡戀上了佐伯，並與之發生肉體關係。

小說還有一條副線，以老人中田為主角，他在小學時經歷一次神秘的昏迷事件後，便喪失所有記憶，甚至不會認字計數，但卻獲得了與貓對話的神秘能力。中田在一次神智失控的情況下殺死了一個紳士裝扮的殺貓狂人Johnnie Walker，之後，他也乘車來到四國。

小說共分四十九章，單數章回用寫實手法描述卡夫卡的故事，雙數章回則用魔幻手法描寫中田的奇遇。作者巧妙地用佐伯作為結合點，使兩個故事聯結為一體。

村上春樹自九九年四月推出長篇小說《人造衛星情人》後，三年多未有小說創作。《海邊的卡夫卡》再度展現出他的小說的澎湃魅力。小說內容奇幻詭異、出人意表，人物塑造鮮明，神秘而富象徵意義，加上故事情節緊湊，讀來有一氣呵成之感。

此書去年九月在日本出版後，兩個月銷量突破五十萬冊，雄居銷售榜首，更被認為是村上最接近諾貝爾文學獎的一部作品。