《牧斋初学集》凡一百一十卷，其中诗二十卷、文八十卷；又《太祖实录辩证》五卷、《读杜小笺》三卷、《读杜二笺》二卷，是其书体例异于一般诗文集处。该集由钱之门人瞿氏耜刻成于明崇祯十六年癸未九月。其中诗集别有钱曾的《初学集笺注》二十卷，刻于清初，与瞿本略有出入，词句也互有异同，后有翻刻本。乾隆时书遭禁毁，清末宣统二年，邃汉斋始以明瞿刻本与笺注本两相对勘，作了校订，并加按语，合两本为一，以铅字排印。二十年代，商务印书馆影印明刻《初学集》，列入《四部丛刊》。现由苏州大学钱仲联教授标点校勘。

《初学集》是钱谦益入清以前的诗文结集，为明亡前之作。其诗在内容上突出表现了对东北边祸的关切（如《寄东江毛总戎》、《和范致能燕山道中绝句八首》之《白沟河》等），也有的诗表现了对宦官和权奸的痛恨（如《九月十一日次固镇驿恭闻泰昌皇帝开遐途次感泣赋挽词》之四、《和范致能燕山道中绝句》之《琉璃河》、《文状元文起》、《昌平州唐罚去华故里》等）和对抗敌将相忠正人物的赞扬。集中的一部分诗是对山水景物的描绘，如《黄山游诗》。另外，颇以风流自赏的钱谦益，当然也不会忘记在诗中描述其与名妓柳如是的交往，凡此种种，可见题材是多样的。在艺术上古近体皆工，并能作百韵以上的排律，继承了杜子美、元稹、白乐天的传统。总论之，其诗七言胜于五言，律体胜于古体，具有雄伟、奇诡、温婉、瑰丽等各种风格。从古乐府到唐宋名家大家，无所不窥，无所不取，无所不舍，终自成一家。其文章则多为古文、以序跋碑传为主。于今人考证历史，不无裨益。其中卷四十七为孙承宗所作形状，长达四万余字，为古代传记中极为罕见的长篇。全书最后的《太祖实录辩证》和《读杜小笺》，则显示了作者渊博的史学、文学修养。而其中《读杜小笺》更是钱氏入清后笺注杜诗的雏形。为杜诗学史上人人必读的不朽之作。