晚明諸遺老之在清初立節制行之高潔，成學著書之精嚴，影響清代兩百六十年，迄今弗衰。惟方以智密之著書雖流傳，而行事隱晦不彰，關心諸遺老史跡者，每以為憾。蓋密之入清以來，即披薙為僧。不如夏峰青主輩雖曰高尚其事，遁匿終身，要是在士林冠帶之列。其為學亦不出性理經史，雖亦蹊徑各別，而承先啟後，固同在學術大傳統之下。密之則藏身方外，學思言行，不能無殊，軌途既隔，傳述遂寡。志猶合而道則乖，所以有顯晦之相歧也。

及門余君英時，發憤有作，為《密之晚節考》，於密之披薙後生涯，博稽廣搜，備引同時各家詩文，旁涉雜史、方志、寺院碑碣、禪門掌故，下逮近代諸家所考索，一鱗片爪精思密會，排比既詳，條貫秩然。——錢穆

明清之際，桐城方密之以智才思照耀一世，然身後品藻則已屢經改易。當乾隆之世，漢學鼎盛，四庫館臣極稱許《通雅》，所重者顯在其考證，此第一期也。密之早年治學，博雅所及，兼通物理，與並世耶穌會諸子頗上下其議論。「五四」以來，遠西郯子見重於中土，言密之者率多推其為近世科學與音韻學之先驅，此第二期也。洎乎最近，學風再變，思想與社會之關係最受治史者注目。密之少負澄清天下之志，接武東林，主盟復社，言思所涉，遍及當時社會問題之各方面，則宜乎今人之特有愛於密之者轉在其為一時代之先覺矣。此第三期也。然當密之生前，其自期果何如乎？同時流輩之視密之又何如乎？就史學立場言，此皆最先當知之事也。密之〈史斷〉篇嘗云：「尚論古今，貴有古今之識。考究家或失則拘，多不能持論，論盡其變。然不考究，何以審其時勢，以要其生平？」故未詳密之一生遭際而暢論其學術，其事終為有憾。不幸密之事跡在晚明諸遺老中最為隱晦，三百年來不僅無人譜其生平，即欲求一翔實可信之傳記亦渺不可得。唯余考密之晚節尚別有一重困難而為通常考證之所無者，即隱語系統之破解是已。以隱語傳心曲，其風莫盛於明末清初。蓋易代之際極多可歌可泣之事，勝國遺民既不忍隱沒其實，又不敢直道其事，方中履所謂「諱忌而不敢語，語焉而不敢詳」者，是也。物不得其平而又不能鳴，其聲迴盪曲折，於是隱語之系統出焉。錢牧齋、吳梅村之詩向來號稱難解，其故在此。——余英時