《日本佛教史纲》分上下两卷，上卷出版于1898年，下卷出版于1899年。此后，此书曾几经再版。现在翻译所用的是1939年日本创元社列为“日本文化名著选”的再版本。这个版本曾由著名佛教学者宇井伯寿(1882—1953)作了校订。当时称村上专精是“佛教史学的泰斗”，书后所附宇井伯寿写的“解题”对此书评价说：“先生的著作……对史实、时代、教理、制度、变迁等都作了精巧的安排，提示了日本佛教史的大纲，读起来极易通晓一切方面”；在佛教史学界“本书据有指导地位”，“长期以来还没出现可与此书媲美的著作”。据不完全的统计，现在日本有日本佛教通史著作四十余种，其中战后新著十多种，但学术界对于村上专精的《日本佛教史纲》仍给予很高评价，认为它“提示了日本佛教史的基本轮廓”，“抓住了纲要”。 统观全书，本书有如下几个特色：

(一)在关于佛教教义的介绍方面，比较注意考查各个佛教宗派产生和发展的源流，并对该宗派所依据的佛教理论在印度、中国和日本的区别进行对比说明，使人对于佛教在不同历史时期和地区的演变可以有比较清楚的了解。例如作者在论述天台宗、真言宗时，不仅介绍了这两宗所依据的佛教经典和教义，而且还对比这两宗在中日两国的区别。作者对日本一些独创的宗派，如净土真宗、日莲宗等的教义，则更着重介绍其特点。

(二)讲述佛教在日本的传播和对社会的深刻影响时，不仅列举史实介绍了以天皇为首的历代统治阶级崇信和扶植佛教的情况，也介绍了某些佛教僧侣对日本社会和文化的发展所作出的贡献；同时也揭露了佛教界腐化堕落以及盘剥人民的一些情况。作者对日本佛教史上一个独特的现象——“僧兵”的起源和在社会上的活动情况，也有简单明了的介绍。这些对于我们加深对日本历史的了解也有参考价值。

(三)本书对历代佛教制度，如僧官、僧律、度牒等也作了简括集中的介绍。这有助于我们了解佛教僧侣上层和统治阶级的关系以及佛教在当时社会上的地位。 本书也有不足之处。作者是日本资本主义社会初期的佛教学者，他没有深入分析佛教与不同时期社会历史背景的关系，也没有从本质上揭示佛教的社会作用，而对佛教和高僧宗祖多有溢美之辞。作者对历史上一些崇敬佛教的天皇、将军等统治者往往过于推崇颂扬，对佛教宗派的传承关系也过分渲染，因而有些章节使人读来索然乏味。自然，由于作者所处社会和地位的局限，我们对此不应苛求。