《明清史学术文库：明代南京寺院研究》作者运用了历史学、宗教学、政治学、经济学、文化学、社会学、教育学、文学、哲学以及建筑学等多学科、多角度的研究，对明代南京寺院的背景、兴废和分布、僧人来源与等级结构、佛学水平与儒学修养、寺院经济与制度、寺院建筑以及寺院对明代政治、经济、文化、民众生活等的作用和影响进行了全面、系统、深入、综合的考察，细致入微，新意迭出，令人信服。本文引用了大量文献资料，如正史、实录、地方志、寺院志、历朝高僧传、古人文集，旁及野史、小说等，以及近人考古发掘资料，计二百余种。对《明实录》、《金陵梵刹志》、《栖霞小志》、《牛首山志》、《献花岩志》、《摄山志》、《大明高僧传》、《补续高僧传》、《新续高僧传》等用力最勤，曾反复研读，还几次到南京各寺院进行实地访问和考察。在此基础上，分析考辨，去粗取精，使本文内容更加丰富翔实，立论更加坚实可信。足见作者的功力深厚和踏实。本文在指出南京佛寺对社会的消极影响外，也公允地、实事求是地提出其另一方面的作用。如，佛寺兴建虽耗费大量资财，却增加了下层劳动人民的就业机会；佛教虽有麻痹人民斗志的一面，但稳定了社会秩序，对社会生产发展和人民生活也有一定积极效应：对藏传佛教的重视，对西藏僧人上层的封授，实现了对西藏的管理，一些藏僧到南京受封、讲道、交流教义，对加强民族团结、维护国家的统一也有一定作用等。有些评论者指出，这对我们今天制定民族政策和宗教政策也有现实借鉴意义。