小小名偵探江戶川柯南，他的真實身分是高中生偵探工藤新一，因為某個特殊的原因，隱姓埋名寄住在女朋友小蘭家裡。

小蘭的父親毛利小五郎是一個不折不扣的彆腳偵探，後來卻拜柯南之賜，成為名人，最後甚至還出現冒牌的小五郎。

某日，柯南他們三人因為要去近畿劍道大賽會場觀賞服部平次比賽的英姿，因此搭上了前往大阪的新幹線。

但是，沒想到會場上竟然發生了命案！平次為了在柯南抵達前解開謎題，完全把比賽的事忘了，最後憑著燃燒的偵探細胞，漂亮地把命案解決。　　平次帶著柯南一行人參觀大阪城時，巧遇一群仰慕豐臣秀吉的人所組成的旅行團，可是沒想到他們又碰上了命案！

這是一起以細雨紛飛的大阪城為舞台的推理事件！豐臣秀吉的崇拜者皆因落入兇手的圈套而死亡…秀吉遺留下來的寶物，和接二連三發生的事件，必須查個水落石出…而這起案件與13年前服部平藏追查的那起案件有何關連！？柯南與平次這回面對的是超越時空的奇怪事件！