《植物名实图考长编》共2卷，收录植物838种，书中摘录了历代本草、农书、方志、诗词杂著书籍中有关植物学的资料，"以稽诸古"。《植物名实图考》38卷，收载植物1714种，插图1865幅，主要是考核植物的名实、兼及实用，"以证诸今"。

《植物名实图考》分类是在继承《本草纲目》分类基础之上，专就植物部分分为：谷类53种、蔬类177种，草类再分为山草类202种、隰草类287种、石草类98种、水草类37种、蔓草类236种、芳草类71种，毒草类44种，群芳类143种；果类102种、木类 271种。由以上排列顺序可以看出：基本上是由草本到木本，体现"从微至巨"的原则。重视民生，所以突出谷类、菜类。草类是按生态、生化原则排列。适应宋元明以来园艺植物的发展，特别列出"群芳"一类。同一类植物中把相近的植物排在一起。书中记载植物种类比《本草纲目》多519种，其中许多是南方或边疆地区植物，呈现区域性特点，补充了历代本草地区性的缺漏和不足，更有特殊价值。

《植物名实图考》对前人著作中的研究成果，充分肯定，大量吸收；对前人的错误，多有纠正。这是十分可贵的。书中对植物形态性态的描述，也比前人更加精细，对植物茎色、叶纹、花形、叶味的记述则更生动、更细微，更容辨认了，经常是从产地记到生境，从初生写到结实，从形状色味，从内服到外用，记述得既全面，又生动。

《植物名实图考》最大的特点，在于图绘精美，一方面便于核对名实，以鉴定种类；另一方面形象地保存了宝贵的原始资料，便于后人检索。我国图谱之学，由来已久。本草书中，图文并重，几成定例。而《植物名实图考》不仅图多，而且精耕细作（细微、清晰、准确）。多数图（近1500幅）是据实物写生，可以按图考证鉴定到科、目，甚至到种（如卷丹、霍香等）。编排上，图文相间，图文并茂。随说明，便于检阅。

《植物名实图考》的性质，既不同于主要记载药物的本草如《本草纲目》，也不同于以农用为主的《群芳谱》、《广群芳谱》这类书。它除部分涉及药用与农用外，并有相当一部分并不直接与实用有关。它所载植物范围更大，并开始摆脱单纯实用性的框架，而有向纯粹植物学转变的趋势。