《近代新疆蒙古历史档案》收录的档案史料均出自于新疆维吾尔自治区档案馆馆藏。其内容主要反映了清末、民国时期新疆蒙古族民众的社会活动。《近代新疆蒙古历史档案》所选的档案史料，按照其反映的内容进行编排、分类，在每类中按时间顺序排列。

《近代新疆蒙古历史档案》中的档案史料均经编者拟制标题，并断句、标点。正文中除统一使用简体汉字外，原文照录。

对档案原文中同一人或事务而称谓不同者，均保持原状，标题中则统一为通用或常用称谓。如档案原文中有“吐尔扈特”、“土尔扈特”两种称谓，在正文中均保持原状，标题中则统一为“土尔扈特”等。

在标题中对各机构一般使用简称，如新疆省政府及所属机构都省去了“新疆”等字样，代以“省政府”、“财政厅”等；旧土尔扈特各部落简称为“南部落”、“北部落”等。标题中的地名沿用当时的名称，如“迪化”、“孚远”等。

《近代新疆蒙古历史档案》中对档案史料的书写格式作了适当调整，如改原文竖排、自右向左书写为横排、自左向右书写，原文中之“如左”，在书中实为在其下方，但“如左”照录。