用林贤治的话说，《幽暗的航行》所关注的是一批知识分子：一者来自欧美，再者主要是“民国”人物，作者并未着意描画“东西”的殊相，却在极力揭示一种共同的价值观，并以此定义知识分子，即知识分子是反抗者，反抗是他们的信仰，灵魂的旗帜，是有别于一般的文化学者的地方。在这里，反抗首先意味着弱势；其次是思想实践，对既存观念、规范和权力形式的质疑和颠覆。

“反抗”可以用来归结《幽暗》一书的灵魂：作者描绘的是一群“自由主义”的反抗者，尽管“自由主义”是个说不清的话题，但在作者的笔下，这种价值观成为他们的精神旗帜或说身份符号。尽管作者所描绘的“知识分子”有的相互之间其人其行泾渭分明，譬如萨特与雷蒙·阿隆。

该书是一本以自由主义思想家和实践者为主体写作的随笔集，作者所着力的是描绘出了一群自由主义者的众生像。作者所描绘的计有：伯林、哈耶克、雷蒙·阿隆、汉娜·阿伦特、萨义德、杰斐逊、托克维尔、傅斯年、罗家伦、王芸生、陈铭德、邓季惺、殷海光、林毓生、张灏等。除了曾担任过两届美国总统的杰斐逊，其他的基本都是以“知识分子”名世，即便是杰斐逊，他的总统任期也是乏善可陈没有什么值得炫耀的政绩，而且他治理国家的想法有些也不合时宜……

作者所着力的显然不是这些，而是对作为“美国《独立宣言》的作者、弗吉尼亚宗教自由法案的制定者和弗吉尼亚大学之父”的杰斐逊一生所体现的“美国精神”给予了“自由主义”的细致诠释。