《奥巴马的战争》中透露，奥巴马的国家安全团队严重分裂，对阿富汗政策争执不下，甚至展开内部斗争。奥巴马去年重新评估阿富汗战略时与军方将领产生矛盾，军方希望增兵至少4万人，而副总统拜登等人则坚持增兵人数不得超过2万人并应尽快撤军。2009年12月，奥巴马终于公布了阿富汗新战略，宣布向阿富汗增兵三万，并计划在2011年7月开始撤军，第一次为这场已经打了八年的战争设定了时间表。该书称，制定这一战略的核心人物是奥巴马本人和参谋长联席会议副主席卡特莱特，被奥巴马团队和军方看做是折中各方意见的方案。该书还透露，对于这一战略，白宫主要顾问和美国的阿富汗和巴基斯坦问题特使霍尔布鲁克认为“不会奏效”。此外，《奥巴马的战争》一书还披露了关于阿富汗战争的一些情报。比如，美国情报部门认为巴基斯坦是个不诚实的伙伴，不愿意、也没有能力阻止巴基斯坦情报部门的某些机构向阿富汗塔利班提供武器、资金等秘密援助。因此，奥巴马作出结论认为，如果不打击藏匿在巴基斯坦偏远部落的阿富汗塔利班和基地组织成员，阿富汗战争无法取得胜利。奥巴马2009年12月25日在椭圆形办公室的一次会议上称，“我们需要让人们了解，（阿富汗战争）的癌症在巴基斯坦。”书中还称，美军有情报显示阿富汗总统卡尔扎伊被诊断为狂躁抑郁症，其情绪波动对奥巴马政府而言是个挑战。伍德沃德在书中披露了奥巴马、白宫团队和军方之间的严重分歧，甚至到了互相谩骂的地步。书中称奥巴马和军方步调不一，与参谋长联席会议主席马伦、美军新任驻阿富汗最高指挥官彼得雷乌斯等意见相左。彼得雷乌斯曾对助手说，一群“错误的家伙”把奥巴马政府搞得一团糟。副总统拜登和白宫主要顾问和美国的阿富汗和巴基斯坦问题特使霍尔布鲁克也是矛盾重重，拜登曾骂霍尔布鲁克虽然“可能是最适合这份工作的人”，但却是“我见过最自私狂妄的混蛋”。此外，许多官员看不起国家安全顾问琼斯，而琼斯则称奥巴马团队的核心成员，包括白宫办公厅主任伊曼纽尔、高级顾问艾克赛尔罗德、白宫发言人吉布斯等人为“一群蟑螂”或“黑手党”。而国防部长盖茨则担心琼斯被副手替换，称如果那样的话对于国家安全顾问一职来说是个“灾难”。