风之谷的公主娜乌西卡因战争联盟条约而被迫代父从军，介入多鲁美奇亚王国与土鬼诸侯国两强之间的大战。目睹无尽的杀戮和流血，对生命的蹂躏和颠沛流离，而当人类在和腐海之间的对抗节节败退之余却疯狂地发动屠杀同类的残酷战争，娜乌西卡开始负起抢救生命和制止战争流血，探索生命之源及腐海秘密的使命。

被称为蓝衣救世者的她，揭开了腐海和王虫的秘密－－那是火之七日战争前人类为拯救污染的世界和扑灭疯狂的人心，所创造的一个新生态系统，把全体人类逐步消灭之余亦把污染的环境再次净化，以供新人类居住。当世界完成了净化，人造的腐海和王虫将随着死去，而所有的人类和生物都无法适应纯净的环境而死亡。

故事的最终娜乌西卡在巨神兵的帮助下进入了土鬼圣都修瓦，把自称为神、储存科技和新人种的生物电脑毁掉。虽然局势已经不可改变，但娜乌西卡认为所有生命是珍贵的--包括了昆虫和人类，是应该被尊重而不容许被操弄。纵然是如何艰苦和脆弱，生命总会找到它的出路。“生命是黑暗中闪烁之光”，“我们是即使一次又一次的吐血，也要超越那一天而飞翔的鸟”，娜乌西卡的呐喊，除了对天地不仁的愤慨，也蕴涵对所有生命的爱护和信念。