作者解释说：“手算和珠算，以意象呈现运算方式，根源于意象理性。本书亦以意象理性的思维方式谋篇布局，故名《手珠记》。”

这本书针对当今人们的处境和文明的困局，提出了新的路径，并致力于破除长久以来人们外求发展的思维定势和思想迷信，提出一种新的学问，叫做“内学”。

所谓内学，即以内观的方式探及自我内心，自师为本，为外向文明的成果寻找根本意义。几个世纪以来，科技、文化、艺术、经济的单向线性发展，使生命的意义在向外扩展中消散。文明如果不找到内向从心的本体，将永远无法获得真实的价值。当今世界，或者需要寻找到一种新的方向，去重现各类事物的价值。价值重现的命题，包含一物多值、同物异值和时空错值几个方面。

此外，作者又着重强调字主义思维，通过解析中国文字的内在思维密码，提出从具象感性到抽象理性，再到意象理性的认识三阶段。面对现实的分崩离析，面对人生的碎片化，当代人不得不以全智的认知方式，去把握生命和周遭。

全书分为四卷。以随笔、论述和故事稿本的多元文体做结构，围绕心、性、习、德，展开多层次的思考，致力于理顺中学和西学的关系，打通文化、宗教和非宗教信仰之间的对立隔绝，从儒、释、道，神学和哲学之中归结出通向绝对真理的血脉经络，以其富有想象力的各类题目发人深省。