《五色四藩——多语文本中的内亚民族史研究》分上下两编。

上编“多语文本与内亚关系研究”主要是内亚民族史相关的内容，涉及蒙古高原、青藏高原和天山北路卫拉特草原等区域的满蒙、蒙藏和满臧之间的政治关系，从时间上来讲，主要集中在清前期。本编共十一章，由十一篇独立的论文组成，分别为《明朝兵部档所见林丹汗与察哈尔蒙古》、《绰克图台吉的历史与历史记忆》、《康熙皇帝亲征噶尔丹的满文档案及其流传》、《车臣汗汗位承袭的变化》、《清太宗与扎萨克图汗素班第的文书往来》、《康熙初年清朝对归降喀尔喀人的设旗编佐》、《外藩蒙古内扎萨克盟的雏形》、《1705年西藏事变的真相》、《六世达赖喇嘛仓央嘉措圆寂的真相》、《噶尔丹与藏传佛教上层》、《图尔扈特汗廷与西藏关系（1643—1732）》。

下编“蒙古历史地理研究”涉及的内容主要有四个方面：第一是明末漠南蒙古喀喇沁、东土默特部的游牧地考证，第二是清初神秘的“察哈尔国”游牧地的考证，第三是17世纪上半叶中亚卫拉特人各部的游牧地考，第四是关于清代蒙古地图文献的点滴。共有六章，分别为《清初“察哈尔国”游牧所在》、《东土默特游牧地之变迁》、《三世达赖喇嘛圆寂地之地望》、《17世纪卫拉特各部游牧地之分布》、《日本天理图书馆所藏手绘蒙古游牧图及其价值》、《清代克什克腾旗的两幅游牧图》。