《敌后武工队》描写冀中军民抗日斗争的故事。1942年，日寇的七八万精兵，在杀人魔王冈村宁次指挥下，对我冀中抗日根据地进行了残酷的“五•一”大扫荡，给这里的军民造成很大损失，使这一带的抗日活动转入地下。但根据党中央的指示，冀中军区九分区派遣魏强、贾政参加敌后武工队，杀回冀中，钻进敌人心脏，开展敌后工作。魏强、贾政在南峪找到武工队队长兼政委杨子曾。魏强被任命为第一小队队长，刘文彬为指导员，蒋天祥为第二小队队长。他们分析了敌情，认为三光地区的哈巴狗、侯扒皮和刘魁胜三个汉奸，是保定宪兵队队长松田的心腹，他们在东王庄，一次就杀害了170多个村民，罪行累累，必须首先打击他们，搞个政治攻势，动员群众积极抗日。

于是，40多个精悍的武工队员，首先闯到侯扒皮所守的中间镇，炮轰炮楼，狠狠打击了他的气焰，使他恐慌不安，也使百姓们精神振奋。这时，魏强率领的小分队，与杨子曾和蒋天祥等分别，来到号称“小延安”的西王庄住下来，得到堡垒户赵河套及群众的精心掩护，因而三个多月过去了，他们频频打击敌人，搞得敌人日夜不宁，而松田和刘魁胜组织的“联合清剿队”，连一点武工队的影子也摸不到。

有一天，武工队队员刘大生出去刺探敌情，同联络员取得联系后，在回来的路上结识了黄村的何殿福，知道他弟弟也是八路军。他们正走着，却被两个清剿队员盯上了。刘大生机智地打死一人，活捉一人，占据了井台上有利地形，同四面围上来的敌人英勇拼搏，打死许多敌人，然后下到井里，从地道回到村里。这时，松田亲自率领的日伪军，仍然向井台猛烈轰击，井台四周火光冲天。当他们攻至井边，一无所见，下井捞尸，也一无所获，松田只得沮丧而回，心中却对刘太生的下落疑虑不定。刘太生安全回到魏强的住所，看到区妇救会长汪霞等皆在，就讲了刚才的情况，并把取回来的信交给魏强。第二天，魏强与刘太生化装成商人，一前一后，按信上的要求去见杨子曾。路上，前边的魏强被二十来个警备队员纠缠住，魏强乘机拽出暗藏的手枪，打死敌人的小队长和几个队员，并趁敌人慌乱之时，滚进旁边的交通沟。后边的刘太生立即朝追击魏强的敌人开了火，与魏强夹击敌人，没被打死的伪军慌忙逃命而去。魏强见到杨子曾，才知道，为配合山里八路军的反扫荡，县委命武工队吃掉增援日军的侯扒皮和哈巴狗的队伍。在回来的路上，魏强和刘太生机智地救出一批被伪军抓去的民伕。第六天拂晓，魏强的小队埋伏在一片坟地里，躲过了日伪军的两辆警车的武装侦察，消灭了打前阵的十多个鬼子兵，刺死曹长一撮毛，几乎活捉哈叭狗，待松田和津美联队长率领四百多日军前来增援时，小分队已无影无踪。津美看到一个接受小分队包扎的日军伤员，气急败坏地一刀刺死了他，并下令将高保公路两侧二百米内的树木、麦子、坟丘全部除掉。

但是魏强让表面上给敌人当伪保长、实为我军联络员的李洛玉去挑动大冉村的警备小队长王一瓶，抗拒了津美的指示。不久，敌人向百姓征收新粮，给百姓带来巨大负担，魏强先是领人智夺了粮车，后又到哈叭狗新到的中间镇，通过关系，内外结合，偷偷运回了被敌人强征的新粮、交还百姓，保住了人民的劳动果实。这时，哈叭狗和侯扒皮被调到黄庄，仍然敲诈百姓，魏强和贾正等人，在市集上打死正在欺压百姓的侯扒皮，并向哈叭狗发出严重警告，令其取消征收红松木料的决定，被欺侮的伪保长和百姓都受到了鼓舞。日伪军不断遭到打击，松田任命刘魁胜为队长，成立夜袭队，专在夜间搜寻武工队，骚扰百姓。由于对夜袭队的活动一时摸不到头绪，武工队在几次遭遇中都有损失，只好暂时撤离三光地区。不久，他们又在保定南边的马池村成功地打击了夜袭队，但刘太生临危不惧，拉响手榴弹，同围攻他的三个敌人同归于尽。刘魁胜在我军地下联络员郭洛耿家埋伏起来，但却没有抓到一个武工队员，便来到平康里的妓女“贵妃”那里，当场和保定南关车站副段长万士顺发生矛盾。万士顺怀恨在心，挑拨刘魁胜和站长小平次郎的关系。小平次郎乘刘魁胜再次去“贵妃”家时，与万士顺一起，痛打了刘魁胜。魏强和刘文彬利用敌人的这种矛盾，并由魏强率领贾正、李东山、赵庆田等八名武工队员，冒充夜袭队为刘魁胜报仇，奔袭车站，打死副站长万士顺和另一个日本人副站长，还打死了一些日本士兵，然后教训全体俘虏，让他们转告小平次郎，待他开会回来后一定去找刘魁胜。代理宪兵队长坂本听了小平次郎的报告，立即带兵血洗了夜袭队的队部。当他知道中了武工队的计谋后，心中懊悔莫及，并被松田队长调出了保定。冀中军民却欢天喜地，庆贺武工队的成功。不久，魏强等人协助魏霞等区县干部开展减租减息运动，在范村治服了阳奉阴违的不法地主周敬之，打击了他的反动气焰，鼓舞了群众的斗争勇气，巩固了运动的成果。不久，夜袭队重新组建，但是在黄庄渡口却遭到魏强等人的沉重打击。松田大骂刘魁胜，并亲自去清剿武工队。然而，这时的武工队却早已闯进了保定，住到了警备队旁边的铁路工人金汉生的家里。这时，革命后代郭小秃已混入黄庄炮楼当了勤杂工，并取得了哈叭狗的信任，当了他的随从，为魏强获得了许多情报。魏强领着武工队，让小秃作内应，机智巧妙地拿下了黄庄炮楼，活捉了哈叭狗和王一瓶等，但哈叭狗乘夜逃跑。汪霞在黄庄渡口受伤后，在田家桥梁玉环家养了两个月的伤，得知梁玉环的母亲被日本兵杀害了，而她弟弟梁邦却在不久前被逼迫当了夜袭队，她与魏强等商量后，决定争取梁邦反正。梁玉环和丈夫田常兴非常高兴，决心协助魏强和汪霞作弟弟的工作。梁邦回田家桥奔丧时，终于被说服，与武工队积极配合，借路祭的机会，一举打死杀害梁邦母亲的日军曹长，打死许多日军，没死的日军全当了俘虏，武工队夺取了炮楼，缴获大量战利品。

哈叭狗逃回保定，通过老婆和刘魁胜的关系，受到松田赏识，当上了夜袭队员。这时，敌人在平汉线上集中重兵进行清剿，松田让哈叭狗领人破坏他逃跑时见过的地道。魏强和刘文彬决定借刀杀人，让鬼子去杀哈叭狗。这天，哈叭狗领着龟尾少佐进了他逃走时的小庄子，早已做了充分准备的武工队，领着百姓安全转移，又巧妙地到处打击敌兵，四五十名日军被打死，敌人仍然摸不到武工队的影子。龟尾的一条胳膊被打断了，帽子被打掉了，他见哈叭狗拾起帽子的谄媚丑相，想起今天的惨败，想起松田暗中怀疑哈叭狗已投降八路军的指示，一枪打死了这个死心踏地的汉奸。而这时魏强领导的小分队却化装成日军，在敌群中从容走掉，并且火烧了梁家桥炮楼子，给敌人沉重打击。松田恼羞成怒，百般挣扎，亲自率领几百名鬼子兵包围了西王村，集合全村百姓，让他们交出武工队。刘魁胜当场杀死了不肯说出武工队下落的一位老大娘和河套大伯。没有来得及转移的刘文彬为了保护乡亲，便从群众中走出来，说自己是武工队员。一时间，群众纷纷说自己是武工队，以保护刘文彬和没有来得及撤走的汪霞，使敌人辨不清真假。然而，夜袭队突然送来被痛打而叛变的武工队员马鸣，致度刘文彬和汪霞被捕。敌人对他俩软硬兼施，却无法让他俩投降。于是敌人就放出风说他俩叛变了武工队。实际上他俩一直在揭露和痛斥松田、刘魁胜，大闹“宴席”，痛击马鸣，敌人无奈把他俩改押到南关监狱。

魏强对他俩在狱中的表现一清二楚，在上级的指示下，在内线关系的协助下，一举劫了押解刘文彬、汪霞和另一个因马鸣告密而被捕的同志邱东的警车，救出了这三个同志。这之后，抗日战争胜利的日子接近了，魏强根据上级的指示，决定逼近保定市区活动。他们通过各种关系，控制了十五号炮楼，并在炮楼头目田光的配合下，把巡视途中前来炮楼避雨的松田和刘魁胜活擒了。松田在被押解途中，投河自杀，刘魁胜在东、西王庄召开的公审大会上被枪决。正在这时，日本投降的消息传来，人们沉浸在欢乐之中，而魏强他们却走向了新的征程，去迎接为保卫抗战果实而同国民党反动派的斗争。