以世本为底本，唐僧家世部分以明刊《唐三藏西游释厄传》（简称“朱本”）为底本。底本的缺文和明显的讹误首依明刊《鼎锲京本全像西游记》（简称“杨闽斋本”）、明刊《李卓吾先生批评西游记》（简称“李本”）、《新刻增补批评全像西游记》（简称“闽斋堂本”），诸本间差异又难以裁夺的，又比对了明刊朱本和明刊杨致和的《西游记传》（简称杨本）；次参清刊本《新说西游记》（简称“新说本”），并在回末的《校记》中逐一注明。鉴于“人文本”的广泛影响，就其所作的勘误也在各回的校记中注出。底本、参校本等相互抵牾、又皆不能允当者，再依次比对清刊《西游证道书》（简称“证道书”）、《西游真诠》（简称“真诠”）、《西游原旨》（简称“原旨”）等，作出准确的选择。通过反复的比对和斟酌，出注8356条。如《西游记整理校注本（套装共3册）》仍有选择不当者，由于现存所有《西游记》善本的相关信息皆一一呈现于校记中，出版者、学者乃至读者可以不经检索，重新作出更好的判断。期望为《西游记》的不断完善提供准确可靠的文献依据；为研究者、读者省却翻检之劳。