梁元生1949年生於香港, 籍貫廣東雲浮。1972年畢業於中文大學崇基學院歷史系，獲甲等榮譽學士學位，1974年獲哲學碩士學位，後赴美深造，1980年獲加州大學(聖巴巴拉)博士學位。畢業後曾任教於新加坡國立大學及美國加州州立大學，1992年後回港任中文大學歷史系教授。2004年升任歷史學講座教授, 並於同年8月起出任崇基學院院長及歷史系系主任。

梁元生之學術研究範圍，包括中國近現代史、城市史及城市文化研究(特別是上海、香港和新加坡)、儒學史、海外華人史及中國基督教史等。其代表作有：《林樂知在華事業與萬國公報》(1978)、《宣尼浮海到南洲》(1995)、《上海道台研究》(英文 1990，中文2003) 、《十字蓮花：基督教與中國歷史文化論集》(2004)、《新加坡華人社會史論》(2005)、《基督教與中國》(2007)、《比較世界歷史上新秩序的建立及其正統化》(英文2007)、《邊沿與之間》(2008)等。除學術著作外, 還著有散文集《施榆集》(1998) 及編輯教會大學歷史文獻叢書(1997-1999)多種。