1973年6月、ベトナム戦争のさなか、ある若いアメリカ兵が突如、同じ分隊の兵士たちに自動小銃を発砲するという事件が起こる。その場に居合わせた彼の仲間で友人のマックス･ロボは、咄嗟の判断で彼の足を狙撃し取り押さえる事に成功する。彼がこの事件をおこしたのは粗悪な麻薬の摂取によって精神障害を発症した結果によるものと判断されたが、ロボは自身が取り押さえた時、友人が「バナナ・フィッシュ」という謎の言葉[1]をつぶやくのを耳にし、不可解な単語にその後も意識をとらわれ続けることとなる。

その12年後、ニューヨーク市のストリートギャングのボス、アッシュ・リンクスは、手下に殺された見知らぬ男がいまわの際に「バナナ・フィッシュ」という単語を口走ったことに疑念を抱き、事件の背景を探り始める。その言葉は廃人同然となった兄が口にするうわ言と全く同じものであり、実はかつてベトナムで仲間を襲ったアメリカ兵はアッシュの兄グリフィンその人であった。更にその時は知るすべもなかったが、その男が殺されたのはかつてアッシュを支配し、現在も歪んだ愛欲から彼を掌握しようとするコルシカマフィアのゴルツィネの命によるものだった。

その頃、日本からはフリーカメラマンの伊部が助手の奥村英二を伴い、ストリート・ギャングの取材の為にニューヨーク市を訪れていた。彼らは取材対象としてアッシュに出会った後マフィアに襲撃され、図らずも危険な暴力の支配する世界に巻き込まれていく。やがて兄の復讐と自由を求めるアッシュ、一人調査を続けていたロボ、無関係ながら後に引けなくなった伊部と英二らは協力し合うことになり、共に「バナナ・フィッシュ」の謎を追ううちに、コルシカ系の財団とCIA、そしてタカ派の連邦上院議員の間で秘密裏に進められていた恐るべき化学兵器開発プロジェクトの存在を知ることになる。ストリート・ギャングの抗争と連邦政府内部の陰謀、さらにコルシカ人財団や香港系の華僑の内紛などが複雑に絡み合い、事態は予想を超えた展開を見せる。